BioStatistique Lyon1

MADG (M1)

Documents pour l'unité d'enseignement « Méthodes pour l'analyse de données génomiques ».

Ref : tdr601

Initiation à l'analyse en composantes principales

Une première approche très intuitive et interactive de l'ACP. Centrage et réduction des données.

Ref : tdr602

ACP d'un jeu de données très simple

On analyse les résultats de 104 étudiants dans 9 matières avec plusieurs analyses en composante principales pour montrer que les opérations de centrage et de réduction sont loin d'être innocentes.

Ref : tdr603

AFC d'un jeu de données très simple

On analyse la couleur des yeux et des cheveux de 592 étudiants.

Ref : tdr74

Analyse multivariée de séquences génomiques

Le paquet seqinr pour le logiciel Rlogo{} est une bibliothèque de fonctions dédiée à l'importation et l'analyse des séquences génomiques. Il permet d'interfacer le logiciel Rlogo{} avec les banques de séquences structurées sous ACNUC cite{acnuc1984}. ACNUC est un système de stockage des banques de séquences (EMBL, GenBank, SwissProt, etc.) efficace pour extraire des sous-séquences d'intérêt biologique (des séquences codantes, des ARNt, etc). Grâce à un langage de requête assez simple, il est alors facile depuis Rlogo{}, de sélectionner des séquences puis d'utiliser toute la puissance et les fonctionnalités du langage Rlogo{} pour les analyser.