Analyse de données structurées

Une vue d'ensemble des méthodes linéaires d'ordination.

 Ref : ter3 

Le couplage de tableaux écologiques

Cette fiche illustre l'utilisation des principales méthodes de couplage en écologie. Elle s'appuie essentiellement sur l'utilisation du paquet ade4.

 Ref : tdr621 

Les analyses en composantes principales inter et intra classes

Analyses sur données environnementales recueillies dans 5 stations à 4 dates différentes (une par saison). Cette fiche s'appuie sur la fiche thématique 2.6. d'ADE-4 classique réalisée par S. Dolédec et D. Chessel.

 Ref : tdr623 

Pratique de l'AFC inter-intra sur données génomique

Analyse de la variabilité de l'usage du code du point de vue synonyme et non synonyme pour 739 génomes bactériens. Les AFC inter et intra permettent de décomposer une problématique en sous problématiques plus faciles à interpréter.

 Ref : tdr624 

Pratique de l'AFC discriminante sur données protéomiques et génomiques

L'analyse factorielle des correspondances discriminante permet d'augmenter le pouvoir de résolution pour discriminer entre des groupes d'individus. On voit ici deux applications, une au niveau protéique et une au niveau nucléique.

 Ref : tdr54 

Extensions de l'analyse discriminante linéaire

L'analyse discriminante linéaire classique s'étend à tout type de variables. On examine ici quelques éléments théoriques. Nombre d'individus, nombre de variables et nombre de groupes. Matrice singulière et effet taille. Discrimination sur une variable qualitative (AFC). Discrimination et analyse des correspondances multiples. Analyse discriminante des correspondances. Illustrations.

 Ref : tdr64 

La co-structure de deux nuages de points

La fiche introduit à l'usage de l'analyse de co-inertie. On définit cette notion à partir des rotations procustéennes. La co-inertie désigne une classe d'analyse de couples de tableaux. Pour deux ACP on a l'analyse inter-batterie des psychométriciens (Tucker 1958). Pour deux ACM on retrouve l'analyse canonique sur variables qualitatives de Cazes (1980). L'analyse des correspondances d'un tableau de profils écologiques (Romane 1972) en fait partie. La CCA est une méthode voisine mais en diffère par les contraintes sous-jacentes.

 Ref : tdr641 

Analyse de co-inertie sur données simulées et sur données protéomiques

Pratique de l'analyse de co-inertie sur un jeu de données simulées et sur un vrai jeu de données concernant la composition du protéome de Escherichia coli et les propriétés physico-chimiques des 20 acides aminés.

 Ref : tdr65 

Variables instrumentales

La fiche introduit à l'usage de l'ACP sur variables instrumentales et de l'analyse canonique des correspondances ou AFC sur variables instrumentales. Elle donne des points de comparaison avec l'analyse canonique et l'analyse inter-batteries.

 Ref : tdr66 

Avifaune de Tarentaise : Introduction

Correspondances multiples et variables de milieu. Correspondances simples et tableau d'avifaune.

 Ref : tdr68 

L'ordination simultanée de plusieurs tableaux

Des exemples, l'importance des objectifs, structure de K-tableaux et analyses séparées. Approche élémentaire des cubes. Compromis : calcul et analyse par STATIS. Compromis : sa constitution dans l'AFM, la co-inertie multiple.

 Ref : ter7 

Introduction à l'analyse RLQ

La fiche présente les principes d'une méthode d'analyse à trois tableaux utilisant un tableau d'AFC comme lien entre deux tableaux quelconques. La mise en oeuvre de la fonction rlq de la librairie ade4 est détaillée.

 Ref : tdr69 

Introduction à la classification

La fiche donne les principes généraux de la classification automatique. L'essentiel est consacré à la description des fonctions hclust et kmeans dans Rlogo